1.凈化空調系統的調試工作是工程驗收階段不可少的一項重要工作。凈化手術室由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。由于歐美手術室潔凈標準與中國環境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現了明顯的檔次劃分。通過調試可以及時發現施工中存在的一些缺陷并及時進行整改和修補，調試對設計圖紙也是一個重要的驗證(Experimental)過程。
2.潔凈室和空調送回風管道應在安裝高效過濾器(作用:過濾雜質等)前達到清潔要求，凈化空調系統必須連續（Continuity)空吹12小時以上，空吹后再對送回風管和空調機組內部進行清掃和擦洗干凈。
3.工程竣工后，建設單位應組織醫療部門、使用潔凈室的相應科室、設計和施工單位依照工程設計文件和《醫院潔凈手術部建筑技術標準》(GB50233-2002)、《通風與空調工程施工驗收標準》(GB50243-2002)和《潔凈室施工及驗收規范》(JGJ71-90)等有關施工質量驗收規范對潔凈室進行嚴格的質量驗收，并應委托有資質的第三方檢測單位對潔凈室內潔凈度對照設計文件和有關標準規范進行檢測。手術室凈化手術室須嚴格劃分為限制區(無菌手術間)、半限制區(污染手術間)和非限制區。三區分隔開的設計有二：一為將限制區與半限制區分設在不同樓層的兩部分，這種設計可徹底進行衛生學隔離，但需二套設施，增加工作人員，管理不便；二為在同一樓層的不同段設限制區和非限制區，中間由半限制區過渡，設備共用，這種設計管理較方便。
