目前，層流手術室的設計主要有雙通道型、單通道型、中央環島型、單元型。手術室凈化采用空氣潔凈技術對微生物污染采取程度不同的控制，達到控制空間環境中空氣潔凈度適于各類手術之要求；并提供適宜的溫、濕度，創造一個潔凈舒適的手術空間環境。由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。出于便于管理的考慮，建議最好建成雙通道型。　　
輔助用房與設施：　　
層流手術室凈化總體設計要求分區明確，潔污分明，人流、物流與污物流通道合理，輔助用房完善，功能與設施先進完備，且具有前瞻性。百級層流手術室應具備清洗、打包、消毒、滅菌、一次性物品的存放、麻醉準備、無菌(意思:沒有活菌器械、無菌敷料、醫護人員的更衣、洗手，患者的換床、蘇醒、家屬等待、洽談室等輔助用房與設施。　　
層流手術室面積：　　
在層流手術室凈化設計中，要面臨三個困惑：第一是面積，第二是間數，第三是無影燈的選擇，這當中最重要的問題是面積。好多地方的醫院在﹥20m2或﹥30m2的這樣一個面積里面也可以設計出一個手術部，但是建好以后吊塔很容易撞墻。根據我們自己的使用經驗來看，潔凈手術部的面積在45㎡以上比較好，60㎡～80㎡比較合適。　　
層流手術室間數：　　
關于層流手術室間數，一般的標準是手術室1張床配比外科的25張病床，是1：25的比例。潔凈手術室層流系統是創造潔凈手術室的一種設備，無論它多么先進，但亦非"萬能"；因層流系統并無消毒滅菌之功效，層流手術室其"無菌"環境主要是通過空氣的"過濾"、"層流"以及室內維持"正壓"狀態來維持的。潔凈手術室層流手術室的衛生管理工作除了日常清潔工作和過去一樣，不能有絲毫放松，還對室內的清潔工作有特殊的要求，室內墻角全部為弧形結構設計，找不到任何一個90°的墻角，使細菌無處藏身，避免了清除不盡的死角，并且室內無須使用物理或化學方法進行消毒，這樣既節省勞動又防止外來污染的進入。按照這樣一個比例，根據醫院的床位去設計手術床到底有多少張，這就要有發展的眼光，因為現在手術的難度、復雜程度都在增加。要考慮今后10年、15年甚至是20年的發展需要，所以，要預留更多的床位以備將來。　　
層流手術室建筑裝飾：　　
層流手術室凈化設計施工的圖紙很多細節考慮不周全，在建筑中，圖紙和實際有差別。建議手術間與各輔助房的顏色要搭配，生活區與休息區的顏色要搭配。　　
層流手術室凈化的目的是通過凈化工程有效地阻止室外污染物侵入室內，降低術后感染率，同時迅速有效地排除室內的污染空氣，防止病菌的擴散。因此在設計與施工時要符合國家標準，同時也要更好地滿足醫院的要求。