手術(shù)室工作要有嚴(yán)格的工作流程，設(shè)備、物品相對(duì)固定。手術(shù)室凈化高效安全的手術(shù)室空氣凈化系統(tǒng)，保證手術(shù)室的無菌環(huán)境，可以滿足器官移植、心臟、血管、人工關(guān)節(jié)置換等手術(shù)所需的高度無菌環(huán)境。采用高效低毒消毒劑，以及合理使用，是保障一般手術(shù)室無菌環(huán)境的有力措施。為了控制（control)人員進(jìn)出次數(shù)，應(yīng)將與手術(shù)相關(guān)的各種物品如敷料包、器械包、補(bǔ)液架、踏板、器械臺(tái)、顯微鏡及腹腔鏡等器材放臵在固定手術(shù)間，由專人負(fù)責(zé)清潔巡查和管理。制定精密(precise)儀器（appliance）管理制度(Management system)，建立儀器檔案(Archive)，嚴(yán)格使用人責(zé)任制，設(shè)立專人維修記錄。手術(shù)結(jié)束后，由專人對(duì)儀器采用器械清洗液超聲清洗，不宜高壓滅菌（fungus)的儀器用2％戊二醛浸泡滅菌，所有手術(shù)器械由供應(yīng)室負(fù)責(zé)接收清洗、檢查維護(hù)。
手術(shù)室凈化潔凈區(qū)必須離手術(shù)臺(tái)四邊至少各1米的范圍，非無菌（fungus)(意思:沒有活菌)物品及設(shè)備不能放臵于潔凈區(qū)內(nèi)，麻醉（anesthesia)設(shè)備應(yīng)采用無菌(意思:沒有活菌)單與手術(shù)部位隔開。凈化手術(shù)室由于手術(shù)室要嚴(yán)格控制低細(xì)菌數(shù)及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩(wěn)定性是層流凈化手術(shù)室的重要驗(yàn)收指標(biāo)。由于歐美手術(shù)室潔凈標(biāo)準(zhǔn)與中國環(huán)境存在細(xì)微差別，常規(guī)的國際標(biāo)準(zhǔn)和國內(nèi)區(qū)域行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)都普遍難于確保手術(shù)室凈化的長期穩(wěn)定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質(zhì)量方面出現(xiàn)了明顯的檔次劃分。需反復(fù)使用的物品術(shù)后用1‰含氯消毒劑浸泡與"擦拭(cleanse) "，紫外線（Ultraviolet rays)燈照射1小時(shí)感染手術(shù)用過的物品用過氧(Oxygen)乙酸處理。特殊感染手術(shù)物品處理時(shí)應(yīng)將廢棄物焚燒；手術(shù)器械用2%過氧乙酸浸泡30分鐘后高壓滅菌；墻面、地面、推床、手術(shù)床用0.5%過氧乙酸擦拭，然后用甲醛(Formaldehyde)和高錳(manganese)酸鉀(Potassium)熏蒸24小時(shí)后通風(fēng)，連續(xù)（Continuity)3次培養(yǎng)無菌方可使用。
