手術室工作要有嚴格的工作流程，設備、物品相對固定。手術室凈化高效安全的手術室空氣凈化系統，保證手術室的無菌環境，可以滿足器官移植、心臟、血管、人工關節置換等手術所需的高度無菌環境。采用高效低毒消毒劑，以及合理使用，是保障一般手術室無菌環境的有力措施。為了控制（control)人員進出次數，應將與手術相關的各種物品如敷料包、器械包、補液架、踏板、器械臺、顯微鏡及腹腔鏡等器材放臵在固定手術間，由專人負責清潔巡查和管理。制定精密(precise)儀器（appliance）管理制度(Management system)，建立儀器檔案(Archive)，嚴格使用人責任制，設立專人維修記錄。手術結束后，由專人對儀器采用器械清洗液超聲清洗，不宜高壓滅菌（fungus)的儀器用2％戊二醛浸泡滅菌，所有手術器械由供應室負責接收清洗、檢查維護。
手術室凈化潔凈區必須離手術臺四邊至少各1米的范圍，非無菌（fungus)(意思:沒有活菌)物品及設備不能放臵于潔凈區內，麻醉（anesthesia)設備應采用無菌(意思:沒有活菌)單與手術部位隔開。凈化手術室由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。由于歐美手術室潔凈標準與中國環境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現了明顯的檔次劃分。需反復使用的物品術后用1‰含氯消毒劑浸泡與"擦拭(cleanse) "，紫外線（Ultraviolet rays)燈照射1小時感染手術用過的物品用過氧(Oxygen)乙酸處理。特殊感染手術物品處理時應將廢棄物焚燒；手術器械用2%過氧乙酸浸泡30分鐘后高壓滅菌；墻面、地面、推床、手術床用0.5%過氧乙酸擦拭，然后用甲醛(Formaldehyde)和高錳(manganese)酸鉀(Potassium)熏蒸24小時后通風，連續（Continuity)3次培養無菌方可使用。
